1951年12月我党南宁市开始发展组织，1952年12月成立农工党南宁市工作委员会。何自坚任主任委员、陈恩教、郭开平任委员。建立工委、文教和市属机关三个支部，42成员人。工作机构设组织、宣传、秘书三个组。办公地点是兴宁路西一里4号，53年1月下旬迁至南国街南宁一里16号。
1954年9月至1957年7月(第一届委员会)。1954年9月第一次党员大会召开，选举何自坚、陈恩教、郭开平、张国岑、张兆贵为委员组成第一届市委会，何自坚任主任委员。并选出出席我党广西省第一次党员代表大会代表11名。
1957年8月，“反右”斗争开始，何自坚主委受到批判，市委会无法履行其职责，8月6日成立以李振英为组长，周有碘、张国岑为副组长的农工党南宁市整风领导小组代行市委会的领导工作。工作机构1956年6月以前称组，7月改为组织部、宣传部和秘书处。办公地址：南国街南一里16号。
1958年10至1961年11月(第二届委员会)。1958年10月第二次党员代表大会召开。这次大会是在反右整风宣告结束时召开的。大会审议并通过了《工作报告》、《南宁市组织和成员社会主义自我改造规划》和对组织内部“右派分子”、“历史反革命分子”处理意见。大会选出第二届委员会委员11名、候补委员2名。选举张显龙为主任委员，张惠民、杨溪如为副主任委员。选出出席我党广西省第二次党员代表大会代表12名。工作机构设组织部、宣传部、办公室。办公地址：南国街南一里16号。
1961年11月至1977年11月(第三届委员会)。1961年11月第三次党员代表大会召开。选出第三届委员会委员13名，候补委员3名。选举张显龙为主任委员，陈如平、张惠民、杨溪如为副主任委员，并选出出席我党广西省第三次代表大会代表19名。这期间，全市基层组织为17个支部、一个小组和一个临时支部。1962年8月区直8个支部拔归农工党广西区委会领导，全市为10个支部，一个组。工作机构设组织部、宣传部、办公室。
1966年5月文化大革命在全国展开，市委机关于10月底关门，停止组织活动。机关干部参加文化大革命。
根据中共中央(1977)第41号文件“关于恢复民主党派组织活动成立临时领导机构的通知”精神，1977年11月市委会成立以黄道存为组长、张国岑为副组长的临时领导小组，恢复组织活动。办公地址：共和路31号市政协会议厅。
1980年4月至1984年11月(第四届委员会)。1980年4月第四次党员代表大会召开。大会选出第四届委员会委员13名，选举黄道存为主任委员，李明义、郭开平、张国岑为副主任委员。选举出席广西区农工党第四次党员代表大会代表13名。工作机构：1980年9月根据农工党广西区委会指示，将组织部、宣传部改为组织科、宣传科，1984年11月2日恢复组织部、宣传部和办公室。办公地址：共和路31号。
1984年11月至1988年1月(第五届委员会)。1984年11月第五次党员代表大会召开。大会选出第五届委员会委员16名，委员顾问3名。选举黄道存为主任委员，张国岑、李明义、黎家骥为副主任委员。选举出席农工党广西区第五次党员代表大会代表17名。黄道存主委于1987年7月病逝，补选宋承铮为主任委员。工作机构设组织部、宣传部、办公室。办公地址：民权路104号。
1988年1月至1991年10月(第六届委员会)。1988年1月召开第六次党员代表大会。大会选出第六届委员会委员16名。选举宋承铮为主任委员，韩国贤、黎家骥为副主任委员。选举出席广西区农工党第六次党员代表大会代表12名。88年下半年黎家骥移居香港，89年4月增补龙绍孙为副主任委员。专职副主任委员韩国贤调离我会，1989年9月增补江国枢为专职副主任委员。工作机构设组织部、宣传部、社会服务部和办公室。办公地址：民权路104号。
1991年10月至1996年7月(第七届委员会)。1991年10月召开第七次党员代表大会。大会选出第七届委员会委员20名，选举宋承铮为主任委员，龙绍孙、江国枢、周捷光为副主任委员。选举出席农工党广西区第七次代表大会代表9名。1993年4月增补谢定耿为副主任委员。工作机构设组织部、宣传部、社会服务部和办公室。办公地址：园湖南路11号。
1996年7月至2000年1月(第八届委员会)。1996年7月召开第八次代表大会，大会选出第八届委员会委员20名，选举宋承铮为主任委员，江国枢、周捷光、彭钊为副主任委员。选出出席农工党广西区第八次代表大会代表11名。工作机构设组织部、宣传部、社会服务部和办公室。办公地址：园湖南路11号。
2000年1月至2006年8月(第九届委员会)。2000年1月召开第九次党员代表大会。大会审议通过农工党南宁市第八届委员会工作报告，选出第九届委员会委员21名；彭钊当选为主任委员，江国枢、钟建军、潘春惠为副主任委员。2001年6月，彭钊因工作需要辞去农工党九届委员会主委职务，补选袁曼虹为主任委员。2002年10月江国枢副主任委员退休，2003年5月补选黄建顺为副主任委员。工作机构设组织科、宣传科、社会服务科和办公室，办公地址：园湖南路11号。
2006年8月，召开第十次代表大会，大会审议通过了农工党南宁市第九届委员会工作报告，选出第十届委员会委员25名，选举袁曼虹为主任委员，黄建顺、钟建军、潘春惠为副主任委员。工作机构设组织科、宣传科、社会服务科和办公室。办公地址：园湖南路11号。
2011年1月，召开第十一次代表大会，大会审议通过了农工党南宁市第十届委员会工作报告，选出第十一届委员会委员25名，选举袁曼虹为主任委员，黄建顺、方海宁、黄宗贵为副主任委员。工作机构设组织科、宣传科、社会服务科和办公室。办公地址：园湖南路11号。
2014年5月，办公地址搬到建政路3号办公楼3楼。
2016年5月，召开第十二次代表大会，大会审议通过了农工党南宁市第十一届委员会工作报告，选出第十二届委员会委员26名，选举黄玉燕为主任委员，黄宗贵、金轮、谭伟军、周小军为副主任委员。工作机构设组织科、宣传科、社会服务科和办公室。办公地址：建政路3号办公楼3楼。